법인을 설립하면 가장 크게 바뀌는 부분 중 하나가 세금 구조입니다. 직장인일 때는 회사가 연말정산을 알아서 챙겨줬지만, 대표가 되면 법인세, 원천세, 종합소득세처럼 여러 세금이 각각 분리되기 때문에 어떤 세금을 회사가 내고 어떤 세금을 대표 개인이 내는지 구분할 필요가 있어요.
오늘은 대표님들이 가장 많이 헷갈려 하는 연말정산, 종합소득세, 법인세의 차이를 쉽게 정리해드릴게요.
1) 연말정산 — 회사가 대신 해주는 급여 정산

연말정산은 회사가 직원들에게 지급한 급여의 세금을 대신 계산하고 정산하는 제도입니다.
대표이사를 포함한 모든 직원의 근로소득에 대한 세금이에요.
항목 | 내용 |
대상 | 법인 대표이사 및 직원 (급여소득자) |
시기 | 매년 1~2월 (전년도 소득 기준) |
신고자 | 법인(회사)에서 일괄 신고 |
내용 | 급여소득 + 각종 공제(의료비, 보험료, 주택자금 등) 반영 |
결과 | 세금이 많으면 환급, 적으면 추가 납부 |
대표이사 급여도 직원들과 동일하게 연말정산으로 처리됩니다.
2) 종합소득세 — 대표 개인이 직접 신고하는 세금
법인의 소득과는 별개로, 대표 개인이 벌어들이는 배당, 임대, 개인사업, 기타소득 등은 매년 5월 종합소득세로 직접 신고해야 합니다.
항목 | 내용 |
대상 | 개인사업자, 프리랜서, |
시기 | 매년 5월 |
신고자 | 본인(또는 세무대리인) |
내용 | 사업·이자·배당·기타소득 합산 |
결과 | 신고 결과에 따라 환급 또는 추가 납부 |
법인 대표라도 급여 외 다른 소득이 있다면 종합소득세 신고를 해야됩니다.
3) 대표이사라면 이렇게 구분하세요
구분 | 세금 종류 | 신고 방식 | 신고 시기 |
법인 명의 소득 | 법인세 | 세무대리인이 | 매년 3월 말 |
대표이사 급여 | 연말정산(근로소득) | 회사가 원천징수 및 신고 | 매년 1~2월 |
대표 개인의 임대·배당소득 | 종합소득세 | 본인이 직접 신고 | 매년 5월 |
4) 부업·겸직이 있는 대표라면?
유튜브, 쿠팡파트너스, 강의 등으로 발생하는 수입은 기타소득 또는 사업소득으로 분류되어 종합소득세 신고 대상이 됩니다.
단, 기타소득금액 300만 원 이하 + 20% 원천징수가 완료된 경우에는 종합소득세를 선택적으로 생략하고 분리과세로 마무리할 수도 있어요.
5) 법인 운영 대표라면 꼭 기억하세요
법인세 👉 회사가 벌어들인 소득
연말정산 👉 대표와 직원의 급여
종합소득세 👉 대표 개인의 배당·임대·겸업 수입
즉, 법인을 설립하면 회사 세금과 대표 개인 세금을 따로 관리해야 합니다.
확실한 세금 관리,
세이브택스가 도와드릴게요.

법인을 운영하면 급여 지급, 원천세, 부가세, 법인세 신고처럼 신경 써야 할 세무 작업이 크게 늘어납니다. 혼자서 정확히 챙기기 어렵다면 편하게 문의 주세요.
세이브택스는 대표님의 상황을 기반으로 필요한 세무 신고와 관리 포인트를 쉽게 안내해드리고, 세금 관련 리스크를 줄일 수 있도록 함께 점검해드립니다.
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